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今彩539為2007年發行的二代公益彩券，其遊戲規則是自第1~39號當中選擇5個號碼投注，每注售價為新台幣50元，開獎也是開出5個號碼，沒有特別號的設置。於每周一至周六開獎，採固定獎金之方式分配，並有系統組合、系統配號和多期投注的玩法。頭獎金額為新台幣800萬元，惟單期今彩539頭獎獎項最高總獎金支出上限為新台幣2400萬元，若該期頭獎獎項之總獎金逾此上限時，則頭獎獎額之獎金分配方式將改為均分制，由所有頭獎中獎人依其中獎注數均分。頭獎的中獎機率約為58萬分之一。
今彩539所有獎項皆為固定獎項，各獎項金額如下：
頭獎$8,000,000
貳獎$20,000
參獎$300
肆獎$50
頭獎至肆獎皆採固定獎金之方式分配之，如頭獎中獎注數過多，導致頭獎總額超過新臺幣2,400萬元時，頭獎獎額之獎金分配方式將改為均分制，由所有頭獎中獎人依其中獎注數均分新臺幣2,400萬元〈計算至元為止，元以下無條件捨去。該捨去部分所產生之款項將視為逾期未兌領獎金，全數歸入公益彩券盈餘〉
特殊的玩法
自行選號
在選號區中，自行從01~39的號碼中填選5個號碼進行投注。
全部快選
在選號區中，劃記「快選」，投注機將隨機產生一組5個號碼。
部分快選
您也可以在選號區中選擇1~4個號碼，並劃記「快選」，投注機將隨機為你選出剩下的號碼，產生一組5個號碼。 以下圖為例，如果您只選擇4、18、21、32 等四個號碼，並劃記「快選」，剩下一個號碼將由投注機隨機快選產生。
系統組合
您可以在選號區中選擇6~16個號碼進行投注，系統將就選號單上的選號排列出所有可能的號碼組合。
假設選擇用3、9、17、28、31、37等六個號碼進行投注，
則投注機所排列出的所有號碼組合將為：
第一注：3、9、17、28、31
第二注：3、9、17、28、37
第三注：3、9、17、31、37
第四注：3、9、28、31、37
第五注：3、17、28、31、37
第六注：9、17、28、31、37
系統配號
您可以在選號區中選擇4個號碼進行投注，系統將除去所選剩下的35個號碼中，自動進行配對，組合出35注選號。 假設您選擇用36、37、38、39等四個號碼進行投注，
則投注機所排列出的所有號碼組合將為：
第一注：36、37、38、39、1
第二注：36、37、38、39、2
第三注：36、37、38、39、3
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第三十四注：36、37、38、39、34
第三十五注：36、37、38、39、35
